关于第三人与法定代表人签约是否“善意”

领导你好，我公司由A、B、C三名股东组成，其中，A占股20%，B占50%，C占30%，经推选，A为公司法定代表人。但我们在公司成立之前，在《公司章程》及另外书面约定，法定代表人A对外签署超过价值超1万元的协议合同，必须经过全体股东半数或以上同意签字或签字授权A签订。 D持借款合同，要求公司支付债务5万元，我方出具《章程》及书面约定，拒绝支付，法院审理，认定D为“善意第三人”，要求我公司支付5万元债务。因该5万元混杂于公司其他支出之中，我公司在后期查账时，也无法分辨出来是否“为公司业务相关支出”，索性赔了，但我们有理由相信，该5万元是A个人消费的。 为了今后不再发生类似的情况，让“善意第三人”知道我公司内部有书面约定，或“非善意第三人”无法以不知情为由，损害我方利益，我公司应该怎么办呢？ 登报纸公示说明可以吗？登什么样级别的报纸？ 如果登报不可以，有其他什么办法呢？